修士研究に関する研究指導を、研究指導教員があたります。研究指導教員は1名の主研究指導教員（以下、主指導教員）と2名の副研究指導教員（以下、副指導教員）から構成され、それぞれ研究指導資格のある教員があたります。ただし、主指導教員が決定するまでは入学時の仮指導教員が研究指導教員になります。
研究指導の責任は研究指導教員にあり、最終的な評価は主指導教員が行います。特別研究1A･1Bは標準コースの1学年に対応し、特別研究2A･2Bは標準コース2学年に対応し、特別研究1Ai･1Biは短期コースに対応します。いずれもAは前期に、Bは後期に実施します。
この科目の単位を取得するには、積極的にゼミや個人面談などで研究指導を受けるとともに、学期ごとに複数教員との特別面談を実施し、自らの研究の意図および内容、進捗状況などを説明し、それに対して意見やアドバイスを受ける必要があります。また、標準コースの1年次は、年次発表と年次報告書の提出が必要です。標準コースの2年次と短期コースは、構想発表と構想報告書​​。中間発表と中間報告書を必要とします。